El Contralor, designado por la Junta Directiva, tiene la responsabilidad de supervisar la legalidad de los actos de las autoridades universitarias. Además, fiscaliza el ingreso y uso de fondos, así como examina las cuentas de aquellos que administren bienes de la institución. Su labor incluye también otras funciones afines que establece la ordenanza de la Junta Directiva, en concordancia con las facultades que la ley otorga a la Contraloría General de la República. El Contralor cesa en sus funciones por renuncia, fallecimiento o remoción. En resumen, su función es garantizar la transparencia y el cumplimiento normativo en la gestión de la Universidad Atacama.

Contralor: Carlos Pérez Saavedra