La Secretaría General de la Universidad Atacama desempeña un papel fundamental como garante de la legalidad y transparencia en todos los procedimientos institucionales. Su labor abarca desde la asesoría jurídica, asegurando el cumplimiento de las normativas vigentes, hasta la convocatoria y registro meticuloso de reuniones de órganos directivos, académicos y comités.

Es su responsabilidad asegurar una comunicación efectiva de las decisiones tomadas en dichas instancias, velando por el cumplimiento adecuado de los procesos administrativos. Además, la Secretaría General se encarga del resguardo y archivo de documentos, así como de la custodia del sello universitario y la emisión de certificados y diplomas. 

Secretario General: Alejandro Salinas Opazo.